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| 施設名【島名】 | 所在地 | 内容 | 電話 |
| 石垣島 | |||
| アトリエ游 | 石垣市登野城 | 催事 | ０９８０−８３−４５８８ |
| 新城サバニ館 | 石垣市宮良 | 伝統 | ０９８０−８６−７１３３ |
| 石垣市伝統工芸館 | 石垣市登野城 | 伝統 | ０９８０−８２−５２００ |
| 大濱信泉記念館 | 石垣市登野城 | 公共 | ０９８０−８４−１５５１ |
| 具志堅用高記念館 | 石垣市新川 | 歴史 | ０９８０−８２−８０６９ |
| 環境省国際サンゴ礁モニタリングセンター | 石垣市八島 | 自然 | ０９８０−８２−４９０２ |
| 官公労共済会八重山館 | 石垣市登野城 | 公共 | ０９８０−８２−３７１４ |
| 県立石垣少年自然の家 | 石垣市新川 | 公共 | ０９８０−８２−７３０１ |
| 佐竹利彦椰子記念館 | 石垣市桴海 | 自然 | ０９８０−８４−４５６８ |
| WWFサンゴ礁保護研究センター白保サンゴ村 | 石垣市白保 | 自然 | ０９８０−８４−４１３５ |
| 蝶館カビラ | 石垣市川平 | 自然 | ０９８０−８４−４５５５ |
| 南嶋民俗資料館 | 石垣市大川 | 歴史 | ０９８０−８２−１３１２ |
| みんさー工芸館 | 石垣市登野城 | 伝統 | ０９８０−８２−３４７３ |
| 八重山博物館 | 石垣市登野城 | 伝統 | ０９８０−８２−４７１２ |
| 黒島 | |||
| 黒島研究所 | 宮里 | 自然 | ０９８０−８５−４３４１ |
| 黒島ビジターズセンター | 宮里 | 歴史 | ０９８０−８５−４１４９ |
| 竹富島 | |||
| 竹富島喜宝院蒐集館 | 竹富 | 歴史 | ０９８０−８５−２２０２ |
| 竹富島ビジターズセンターゆがふ | 竹富 | 伝統 | ０９８０−８５−２４８８ |
| 竹富民芸館 | 竹富 | 伝統 | ０９８０−８５−２３０２ |
| 小浜島 | |||
| 小浜島民俗資料館 | 小浜 | 歴史 | ０９８０−８５−３４６５ |
| 西表島 | |||
| 西表館 | 船浮 | 歴史 | ０９８０−８５−６７６０ |
| 西表野生生物保護センター | 古見 | 自然 | ０９８０−８５−５５８１ |
| 亜熱帯植物楽園由布島 | 古見 | 自然 | ０９８０−８５−５４７０ |
| 竹富町子午線ふれあい館 | 祖納 | 自然 | ０９８０−８４−８３６２ |
| 波照間島 | |||
| 波照間島星空観測タワー | 波照間 | 自然 | ０９８０−８５−８１１２ |
| 与那国島 | |||
| アヤミハビル館 | 与那国 | 自然 | ０９８０−８７−２４４０ |
| 与那国町伝統工芸館 | 祖納 | 伝統 | ０９８０−８７−２９７０ |
| 与那国町民俗資料館 | 祖納 | 歴史 | ０９８０−８７−２８８５ |